Em 1986, é eleito Presidente da República, após uma campanha sob o slogan “Soares é fixe!” Mário Soares derrota na segunda volta o deputado apoiado pela direita, Diogo Freitas do Amaral, tornando-se o primeiro Chefe do Estado civil no período da democracia.

Em 1991, é reeleito com uma ampla maioria, com cerca de 70 % dos votos.

Os seus mandatos foram marcados pelas “presidências abertas”, em que se deslocava e permanecia em diversos pontos do país, aparecendo representado como uma espécie de rei. Também as divergências com o Primeiro-Ministro Cavaco Silva são privilegiadas nas caricaturas deste período.

Na tomada de posse do primeiro mandato, em 9 de março de 1986, homenageia a Assembleia da República desta forma:

«Sempre considerei – e considero – a Assembleia da República como o centro vital da democracia. Honro-me de ter sido parlamentar. Deputado às Constituintes, fui sucessivamente reeleito em todas as legislaturas. Nos últimos dez anos vivi momentos históricos, exaltantes, neste hemiciclo, de que guardo indelével recordação.

Num regime pluralista e pluripartidário, como o nosso, o papel do Parlamento é primordial e insubstituível. É da eficácia da sua ação, no plano político e no plano legislativo, que em grande parte depende o regular funcionamento das instituições democráticas, de que sou, a partir de agora, constitucionalmente, garante.»